Η χειρουργική αντιμετώπιση της κύστης κόκκυγος εξαρτάται από την κλινική της εικόνα. Η διάνοιξη και παροχέτευση του αποστήματος αποτελούν τη μόνη λύση σε περιπτώσεις φλεγμονής και σε δεύτερο χρόνο διενεργείται η εκτομή της κύστης. Υπάρχουν τρεις χειρουργικές τεχνικές: η “ανοικτή”, η “κλειστή” και η “ημί-κλειστη”. Η επιλογή της κατάλληλης τεχνικής για την επέμβαση γίνεται έπειτα από συζήτηση με τον ασθενή, δίνοντάς του να καταλάβει τα πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα κάθε μεθόδου. Στο σημείο αυτό αξίζει να σημειωθεί πως υπάρχει και μια νέα τεχνική, η ενδοσκοπική θεραπεία της κύστης κόκκυγος (EPSIT), όπου είναι μια νέα μέθοδος χωρίς μακροχρόνια αποτελέσματα και δεν μπορεί να εφαρμοστεί σε όλους τους ασθενείς.